GENETYKA MOLEKULARNA
Oferta naukowo-badawcza i oferta usługowa
Współpraca w realizacji projektów badawczych z wykorzystaniem nowoczesnej aparatury z zakresu genetyki molekularnej.
Zespół posiada wieloletnie doświadczenie w prowadzeniu badań finansowanych m. in. przez UE, MNiSW, norweski mechanizm EOG, z których ogromna część dotyczy analizy biomarkerów genetycznych i epigenetycznych w etiologii nowotworów. Badania z wykorzystaniem specjalistycznej aparatury z zakresu biologii molekularnej (wykaz poniżej) prowadzone są również w ramach Europejskiego Instytutu Badań nad Rakiem Środowiskowym - EIEC, znajdującego się na Polskiej Mapie Drogowej Infrastruktury Badawczej.
Nazwa laboratorium usługowego:
Zakład Genetyki Molekularnej i Epigenetyki
(kierownik Pracowni: dr hab. Edyta Reszka, prof. IMP)
Kontakt:
Edyta Reszka (edyta.reszka@imp.lodz.pl )
tel. 42 631 46 27 lub 42 631 46 26
Zakres analiz:
1. Analiza polimorfizmu genetycznego (SNPs, DIVs, inne)
2. Analiza ekspresji genów
3. Analiza hipermetylacji regionów promotorowych i całkowitej metylacji
4. Analiza mutacji
5. Analiza długości telomerów (TL) i liczby kopii mtDNA
Szczegółowy opis metod i technik:
1. Izolacja DNA oraz RNA z różnorodnego materiału biologicznego – ludzkiego i zwierzęcego (krew, ślina, tkanka, komórki nabłonkowe z jamy ustnej i każdy inny nawet trudny materiał) metodą kolumienkową i z zastosowaniem kulek magnetycznych; pomiar stężenia i jakości, przechowywanie prób i transport.
2. Modyfikacja genomowego DNA z wodorosiarczynem sodu do badania metylacji.
3. Oznaczanie genotypów i/lub haplotypów: dyskryminacja alleli z komercyjnymi sondami TaqMan; dyskryminacja alleli metodą HRM; analiza restrykcyjna; pirosekwencjonowanie do oznaczeń genotypów, haplotypów, mutacji. Możliwe prowadzenie oznaczeń w dużej skali (high-throughput).
4. Synteza cDNA; analiza ekspresji genów z sondami TaqMan lub barwnikiem interkalujacym SYBRGreen (qPCR); prowadzenie eksperymentów zgodnie z wytycznymi MIQE; wyznaczanie wydajności reakcji, kontrola między- i wewnątrzpłytkowa itp. Obliczenia ekspresji genów z wykorzystaniem metod Livak’a i Pfaffl’a. Możliwe prowadzenie oznaczeń w dużej skali (high-throughput).
5. Ilościowa analiza hiper- i hipometylacji z wykorzystaniem techniki qMSP z sondą TaqMan i/lub pirosekwencjonowanie.
6. Ilościowa analiza TL i mtDNAcn w genomowym DNA.
7. Projektowanie starterów i sond fluorescencyjnych do genotypowania, badania ekspresji i metylacji.
8. Analiza baz danych sekwencji genetycznych GenBank (NCBI), sekwencji promotorowych i innych.
9. Projektowanie eksperymentów do badania polimorfizmu, ekspresji genów i metylacji DNA. Dobranie formatu-skali w zależności od liczby prób i liczby genów.
Wykaz kluczowej aparatury:
Fot. Ewa Jabłońska
Fot. Ewa Jabłońska
Termocyklery klasyczne (Bio-Rad) oraz termocyklery do PCR w czasie rzeczywistym CFX96 (Bio-Rad) LightCycler®96 (Roche) służące do analizy polimorfizmu genetycznego, metylacji i ekspresji genów.
Fot. Tadeusz Hałatek
Średnio- i wysokoprzepustowy system do PCR w czasie rzeczywistym QuantStudioTM 12K Flex (Life Technologies) służący do analizy ekspresji genów, polimorfizmu genetycznego, microRNA, analizy mutacji genowych i detekcji patogenów.
Fot. Ewa Jabłońska
Pirosekwenator PyroMark TMQ96 ID (Qiagen) służący do analizy metylacji, polimorfizmu genetycznego i mutacji genowych.
oraz
Automatyczny izolator kwasów nukleinowych z płynów ustrojowych, krwi, tkanek, osocza/surowicy chemagic Prepito®-D (PekinElmer)
JANUS® Automated Workstation (Perkin Elmer)
System do biobankowania: sample storage and tracking system with 2D barcode single tube and rack readers (Fluidx)
Czytnik: VICTOR™ X3 Multilabel Plate Reader (Perkin Elmer)
-
------
Masz spostrzeżenia dotyczące strony?
wypełnij formularz
