Instytut Medycyny Pracy im. prof. J. Nofera :: Zintegrowany system informatyczny wspomagający badania nad nowotworami pochodzenia środowiskowego. SYSCANCER

Zintegrowany system opracowania i wdrożenia infrastruktury informatycznej w ochronie zdrowia pracujących | Zintegrowany system informatyczny wspomagający badania nad nowotworami pochodzenia środowiskowego. SYSCANCER | Praca, Zdrowie, Środowisko – platforma informatyczna do efektywnego zarządzania wiedzą i badaniami naukowymi | Zintegrowany system monitorowania stanu psychofizycznego kierujących pojazdami w celu minimalizacji zagrożeń w ruchu drogowym | Kompleksowe Programy Zdrowotne | Zakup agregatu prądotwórczego wraz z niezbędnymi zmianami zasilania elektrycznego dla zapewnienia alternatywnego źródła zaopatrz | Postępowanie patentowe dla Tools and methods in chracterising the immunotoxic activity of xenobiotic substance | Barierowe materiały nowej generacji, chroniące człowieka przed szkodliwym działaniem środowiska

Zintegrowany system informatyczny wspomagający badania nad nowotworami pochodzenia środowiskowego. SYSCANCER

POIG.02.03.01-00-040/13

Beneficjent :
Instytut Medycyny Pracy imieniem prof. J. Nofera w Łodzi

Kierownik projektu: prof. dr hab. n. med. Konrad Rydzyński
tel.: 42 631 45 01
e-mail: konrad@imp.lodz.pl

Partnerzy:
Centrum Onkologii w Gliwicach
Politechnika Śląska

Projekt współfinansowany przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Innowacyjna Gospodarka

Głównym celem projektu jest utworzenie infrastruktury informatycznej dla potrzeb badań nad środowiskowymi uwarunkowaniami nowotworów złośliwych.

Cele szczegółowe projektu obejmują:

– zwiększenie potencjału naukowego konsorcjum poprzez opracowanie narzędzi do gromadzenia oraz przetworzenia dużego zakresu danych medycznych, danych z wywiadów kwestionariuszowych, danych z banku prób oraz wyników specjalistycznych analiz (np. genetycznych i molekularnych) w spójny materiał badawczy poprzez dokonanie normalizacji i standaryzacji danych,
– stworzenie podstaw dla prowadzenia statystycznych analiz danych i testowania hipotez z zakresu badań nad czynnikami środowiskowymi, warunkującymi występowanie nowotworów złośliwych oraz badań nad interakcją czynników środowiskowych i genetycznych,
– stworzenie potencjału do doboru grup badanych pacjentów według określonych kryteriów wykorzystywanych przy badaniach naukowych w oparciu o raporty generowane z „biblioteki pacjentów”,
– gromadzenie danych medycznych przede wszystkim z systemu szpitalnego i z systemów sprzętowych dla potrzeb podejmowania decyzji klinicznych,
– stworzenie kanałów komunikacji pomiędzy badaczami oraz kanałów transmisji danych.

Zakres zadań obejmuje:

– opracowanie modułów akwizycji, archiwizacji i prezentacji danych na poziomie lokalnym. (Opracowanie oryginalnego systemu LIMS. Opracowanie specyfikacji formatu eksportu wyników analiz dla różnych typów danych. Zaprojektowanie struktury lokalnych baz umożliwiających kontrolowane udostępnianie części danych),
– opracowanie oprogramowania wspomagającego analizę danych (Przeanalizowanie przydatności różnych metod selekcji/ekstrakcji cech, klasyfikacji, testów statystycznych dla dostępnych danych biomedycznych),
– analizę funkcjonalności i weryfikację narzędzia informatycznego służącego akwizycji danych – badanie pilotażowe (weryfikacja opracowanego narzędzia informatycznego i monitorowanie jego efektywności w badaniach z zakresu epidemiologii molekularnej. Testowanie opracowanych narzędzi, w trakcie badania kliniczno-kontrolnego),
– Informatyczną integrację laboratorium prowadzącego badania z dziedziny epidemiologii molekularnej nowotworów środowiskowych; weryfikacja narzędzi do analizy danych (Budowa bazy danych i lokalnego centrum obliczeniowego epidemiologii molekularnej (etap I): zakup i uruchomienie klastra komputerowego),
– integrację systemu (Opracowanie modelu użytkowania systemu i jednolitego standardu zapisu danych pochodzących z lokalnych serwerów. Studium modelowania hurtowni w oparciu o technologie MOLAP, ROLAP i HOLAP).
– weryfikację funkcjonalności systemu i jego wdrożenie (opracowanie procedur dostępu do danych przechowywanych w poszczególnych jednostkach. Wdrożenie systemu i jego testowanie).

Nowotwory złośliwe stanowią w Polsce problem o narastającym znaczeniu medycznym
i ekonomicznym. Wskaźnikiem ogólnospołecznego znaczenia jest fakt, że złośliwe nowotwory stanowią drugą – pod względem częstości – przyczynę zgonów (mężczyźni – około 26%, kobiety – około 23%). Dane Krajowej Bazy Danych Nowotworowych (Zakładu Epidemiologii i Prewencji Nowotworów Centrum Onkologii – Instytutu im. Marii Skłodowskiej‐Curie w Warszawie) – wskazują na ogólnie wysokie zagrożenie polskiej populacji złośliwymi nowotworami (zachorowalność – około 140 000 rocznie, umieralność – około 95 000 rocznie, chorobowość – około 500 000 rocznie).
Wyniki analiz epidemiologicznych wskazują iż szeroko pojmowane czynniki środowiskowe, włączając w to czynniki zawodowe, są odpowiedzialne za występowanie około co najmniej 19% przypadków nowotworów złośliwych. Jeśli uwzględnimy także czynniki zależne od stylu życia,
a mające związek z szeroko pojętym środowiskiem, w którym żyjemy to odsetek ten może dochodzić do 70 – 80%. Identyfikowanie środowiskowych czynników rakotwórczych, wczesnych biomarkerów ekspozycji i choroby nowotworowej, tudzież identyfikowanie populacji wrażliwych na działanie tych czynników jest kluczowe dla potrzeb prewencji chorób nowotworowych, przekłada się także na ekonomię i finanse państwa między innymi poprzez wydłużenie aktywności zawodowej i olbrzymią redukcję kosztów związanych
z leczeniem osób z chorobą nowotworową.
Prowadzenie populacyjnych badań epidemiologicznych pozwala na wskazanie czynników ryzyka chorób cywilizacyjnych, czynników wpływających na nieskuteczność terapii oraz zwiększających ryzyko występowania groźnych powikłań w przebiegu tych chorób i wpisuje się w program badań strategicznych wielu ośrodków światowych.
Warunkiem osiągnięcia znaczącego postępu w omawianym obszarze jest realizacja badań
w interdyscyplinarnych konsorcjach, w których oprócz lekarzy, patomorfologów, powinni
znaleźć się eksperci z dziedziny biologii molekularnej, biochemii, genetyki, epidemiologii, statystyki i informatyki. W przypadku identyfikacji środowiskowych przyczyn nowotworów złośliwych liczy się także skala badań. Celowe jest prowadzenie dużych badań wieloośrodkowych, obejmujących wiele tysięcy osób, co stwarza możliwość prowadzenia analiz o dużej mocy. W przypadku badań prowadzonych na tak dużą skalę z udziałem wielu ośrodków warunkiem koniecznym jest gromadzenie materiału według jednolitego standardu, w formacie jaki umożliwi proste agregowanie danych, a także łatwy dostęp z możliwością transmisji.
Utworzone konsorcjum stanowi znaczący potencjał dla prowadzenia takich badań. Obszary wiedzy, w jakich specjalizują się uczestnicy konsorcjum obejmują szereg dziedzin związanych
z badaniami nad nowotworami, począwszy od badań podstawowych przez epidemiologię do onkologii klinicznej. W szczególności są to specjaliści w dziedzinie toksykologii, chemii
i biochemii, biologii molekularnej, epidemiologii (molekularnej epidemiologii raka), biostatystyki, bioinformatyki i onkologii. Komplementarne umiejętności pracowników naukowych ułatwiają określenie bieżących zagadnień związanych z badaniami nad nowotworami, planowania
i prowadzenia badań poświęconych ocenie ryzyka powstawania raka i określeniu istotnych czynników etiologicznych.
Proponowany projekt ma na celu utworzenie struktury i narzędzi operacyjnych oraz podstaw dla prowadzenia badań populacyjnych, tworzenia baz danych, oraz głębokich analiz gromadzonych danych z perspektywą znacznego postępu w identyfikacji przyczyn środowiskowych chorób nowotworowych w Polsce.

Materiały do pobrania: